淀川の付替え改修工事は明治三十年にやっと着手され、日露戦争により一時中断したが、明治四十三年に竣工し府民の悲願の実現を見た。中津川は海老江村の西端、鼠島のすぐ上流で分断され、毛馬より当地までは淀川開削のために設けられた長柄運河でつながることになった。この長柄運河（地元では中津運河とよぶ）は新淀川掘削による不用土砂を海に運搬投棄するためのものであったが、「将来ニ保存シ、其沿岸長五十余町（五・五`b余）ノ地ヲ製造ノ地ニ充ツレバ大ニ其発展ヲ常助スルニ足ラン」（『淀川百年史』）と期待されて残された。この新淀川の出現により正蓮寺川、伝法 川、六軒屋川の分岐点に位置する鼠島が大きな役割を果たすことになる。
新淀川の開削は、同河川と鼠島を起点に分流する伝法川、正蓮寺川、六軒屋川および安治川の水位に大きな格差をもたらし、船運に支障をきたすことになった。これらの諸川は昔より諸物資を市内や上流に運ぶための重要な交通路であった。水位の格差を調整し船運を可能にするために、また海水の逆流を防止 するために要所要所に閘門、洗堰が設けられた。鼠島には図のように明治四十三年二月に六軒屋第一閘門および正蓮寺川締切堤が設置される。六軒屋第一閘門は「中部堰室は最小幅一〇・九一b、有効長さ八九・〇九b、各扉室には一対の鉄製扉をつけ、開閉は歯車と鉄棒との装置によって人力で動かす設計になっていた」（『淀川百年史』）。この閘門は毛馬第一・第二閘門、伝法第一・第二閘門、酉島閘門などと連携し、新淀川と各川との水位を調節し、船運を可能にした。その後、通航船数の増加に伴い、既設の閘門の東側に並行して新たに、六軒屋第二閘門が大正十二年三月に設けられた。幅六問（一〇・九一b）、閘室長六〇間（一〇九・八b）と第一よりひとまわり大 きかった。
旧中津川と六軒屋川の水流を連絡し、六軒屋川の浄化を図るため、六軒屋洗堰サイホンが大正八年三月に竣工した。この洗堰は地盤沈下のため昭和二十四年かさ上げ、補修がなされたが、さらに地盤沈下が進み、ついに昭和三十三年公用廃止、堤防敷として存置した。六軒屋第一閘門も利用の減少と地盤沈下により使用に耐えなくなり、昭和二十五年三月末に使用を廃止されている。以後、第二閘門を利用していたが、利用の減少、運河用水の汚濁など、存在価値が次第に薄れ、加えて第二室戸台風では運河の水が溢れ、海老江地域に大きな被害をもたらした。そしてついに昭和三十九年十月、第二閘門も公用廃止が告示され、その後撤去された。中津運河も昭和四十八年に埋め立てられた。
『淀川百年史』 によると、六軒屋閘門を利用した年間の通船数は最盛期の大正三年に三三万八〇七七隻、閘門の開閉度数は六八〇三回に及ぶ。しかし以後次第に減少し、第一・第二閘門を併せて五万〜六万隻で推移する。終戦直後は一万隻を割ったものの、昭和二十六年以降、一万五〇〇〇隻前後、開閉回数五〇〇〇回前後で推移している。
前出の浜浦氏によれば、第一閘門の方は閘室には法(のり)があり、新米船頭は斜面に船底を乗り上げ難儀していた。第二の方は閘室壁は垂直で利用しやすかったそうだ。運河を利用していたのは砂利船のほかに、団平船といって上りには沿岸の工場用へ石炭などの原料を運び、下りには工場の製品を積んで往来していた船がかなりあった。砂利船は上りは空で二、三人の男が綱を肩引きして上り、下りは砂利を積み、樟で流れに沿って操っていたそうだ。
